“Nuestra escuela tuvo una cuna muy humilde; una casona con un corral grande y uno pequeño”, expresa el contador Carlos Martínez Inda, último integrante con vida de la primera generación de estudiantes de la preparatoria de la Universidad de Guanajuato (UG) en Celaya: el antiguo Mesón de la Parra, ubicado en la calle Miguel Hidalgo.
Antes, esta escuela fue una Secundaria Oficial, instituida en 1926 por Francisco Paredes Velasco, su primer director, y perteneciente al entonces Colegio del Estado (ahora UG). Ahí se estableció la carrera de Contador Privado (1933) y de Enfermera Partera (1939), gestionadas por los directores siguientes: Vicente Martínez Borja y Ernesto Gallardo.

En 1943, bajo la dirección de Javier Guerrero Rico, se solicitó la adición del nivel preparatoria. Luego de mucha insistencia y el cumplimiento de los requerimientos para tal efecto, el 13 de febrero de 1945 se concedió la autorización renombrando la escuela como Instituto Celayense, donde también se ofertaron las carreras de Secretario, Contador Bancario y Contador Industrial.
Martínez Inda recuerda cómo, durante ese proceso, las habitaciones de la casa se empleaban como aulas con horarios dobles (desde las 7 de la mañana hasta las 10 de la noche).
En el más grande de los dos corrales, se construyó una cancha de basquetbol donde los estudiantes aportaron su mano de obra en labores de albañilería y pintura; los materiales fueron patrocinados por la ciudadanía.
En ese espacio, después se organizaron torneos con otras escuelas de la región, como el Instituto Tecnológico de Roque, donde el equipo de la escuela, integrado por docentes y estudiantes, llegó a ser campeón.

También se organizaron bailes memorables en el patio o en la cancha con orquestas y artistas de alto nivel en México, como Juan García Medeles, Agustín Lara o Consuelito Velázquez.
Fueron 18 los alumnos inscritos en aquellos primeros grupos de la preparatoria distribuidos en los bachilleratos de Ciencias Biológicas y Leyes. En 1947, se renombró como Escuela Preparatoria y Profesional de Celaya debido a que los estudios de Comercio y Enfermería continuaban ofertándose.
En marzo de 2008, con la entrada en vigor de la nueva Ley Orgánica de la UG y la conformación de los campus y colegios universitarios, el plantel obtuvo su nombre actual, Escuela de Nivel Medio Superior de Celaya. En agosto de 2013, el aumento de la matrícula fue posible con la adición de las instalaciones de la sede El Sauz.